またまた再考

exonmapを試用してみたけれど、どうも難しいなーという印象。
エクソンアレイのデータはただでさえ大っきいのに、それを普通にメモリに読み込んで、、という作業をするのでとても20枚分のアレイデータを処理するのは無理っぽい。
さて、どうするかと考えた結果、やっぱりaroma.affymetrixに立ち戻るしか無いらしい。
とりあえずaroma.affymetrixでバックグラウンド補正や正規化をして、そのデータをexonmapで処理してみようかと。

今回いろいろとエキソンアレイの処理をしようとして感じたのは、やっぱりアノテーションが大事だということ。
難しい問題だけれど，今あるもので納得のできるデータを出すしかないのだろう。