iTunes 7.6.1

iPod shuffleがこんなことに。

今後の研究対象として面白そうな遺伝子リストをエキソンアレイなんかの解析から作成。 結局、RankProdによるp-valueで絞り込んだけれど、実際もう一つくらいt-statistic系の統計量でも見てみたい。 どうしようか。

SAMの計算は更新後のデータでもできなかった。 仕方ないので、他の統計処理をすることに。 まずはRankProd。 これだけでも良い，とも思うけれど他の計算とも結果を比べてみたいところ。

更新後のデータに関してはまだ試していないけれど、SAM計算しようとして出るエラーの対処は未だできず。。。 しかし、RankProdの計算時には全く問題なく結果が出るんだけどなー。 とりあえず、更新後のデータにでも試してみて、駄目ならば考えよう。

aroma.affymetrixのエキソンアレイのCDF fileの更新に伴うデータ変更も大体終わりそう。 これでしばらくはデータを変えることはない、というか更新される前に論文化しなければ。

エキソンアレイの発現値(Normalized Intensity)を使ってRでSAM(Significance Analysis of Microarrays)をやってみる。 しかし、途中でどうしてもこけてしまう。 エラーの内容は 「Error in names(o.pr)[p.ok] incompatible types (from NULL to character) i…

NeoOffice 2.2.2 Patch 11 Security Update 2008-001 相も変わらず、NeoOfficeも上げる。

全ゲノムに対して行ったエキソンアレイのプローブのBLAT自体は終わったけれど、その後のプローブごとのcountingが終わらない。。 明後日までに作るセミナー資料に入れたいデータだったけれど、とりあえず終わっている2万プローブでのデータを出してみるしか…

エキソンアレイの解析の時、極端に高い発現値を示すプローブセットがある。 アフィメトリックスによれば、クロスハイブリするため、そういうことがあるという記述が。 実際にそれを調べるために、プローブ配列とゲノム配列でBLATにかけて検証する必要がある…

QuickTime 7.4.1 NeoOffice 2.2.2 Patch 10 そろそろNeoOfficeも卒業かな？

という訳で、月例のバックアップ。 身近でファイルを捨てちゃった、とか言う話を聞いていると、よりバックアップの重要性を感じる。 早くLeopard買って、Time Capsuleでバックアップ...なんてことを実行してみたい。

アノテーションが新しくなったため、データの差し替え（つまり計算し直し）を行う。 以前やった計算方法とそのワークフローをちゃんと整理していたので、スムーズに終了。

昨日、aroma.affymetrixページのエキソンアレイのアノテーションファイルがアップデートされていたので、現在解析しているデータを再度計算し直す。 あまり違いはないだろうとの予想通り、ほとんど変化はない様子。

週末に仕掛けた計算が終了していたので、今あるデータと結合。 フィルタリングするためのデータはあるけれど，結局は個別にデータを見ていくことになりそう。。 明らかな"はずれ"をさっ引くためにどうすればいいかを考えてはみたもののなかなかいい案が浮か…

雪から雨に変わったので、道路が凍るようなことは無いと思いましたが、今日は8時半には帰宅。 夕食後に仕事を再開。 ウェットの実験と違って自宅でもできるのがドライ実験のいいところ。 思いついた時にコスト（ウェットだと消耗品などで何やるにしても結構…

共同研究者であるHUB師より、計算結果を頂いたので、すぐに次の計算へまわす。 必要なファイルとRubyスクリプトは既に作っておいたので、データを放り込むだけ。 後は結果が出るのを待つだけです。 別のについても同じことをお願いしたので、それについても…

昨日のディスカッションを受けて、現段階での情報整理を。 解析の結果データは勿論、途中データも後から見られるよう、分かりやすく、きっちりと 後々論文化する時に必要な文献の整理

今日はじめてParallelsが動いてるのを見た。 昨日に引き続き欲しいものがまた増えたよ。

iTunes 7.6 QuickTime 7.4 例のアレも発売したみたい。 ちょっと欲しいけど，先にLeopard買って、TimeCapsule買って、、、欲しいものだらけだな。

昨日の温泉でじっくりと考えたことを早速実行してみる。 うーん、加減が難しいけど方向性は間違いではなさそう。 もう少し改善する必要があるが。。

データバックアップ。

Rで統計処理をし、Rubyでデータの整形とフィルタリング。 プログラミングについては基本的なことしかできないので、もっとうまくプログラムを組めば早く計算結果を出せるのだろうけど、とりあえずデータは出せるので自分のマシン2台をフル回転して頑張る。 …

エキソンアレイの生データからgene, exon両レベルでのシグナル変換 得られたシグナルからPCA（主成分分析）を用いてデータセット中のoutliersを見つける 今後使うであろうエキソンアレイプローブと発現アレイプローブの対応テーブルの作成 対応テーブルを使…

自前のMacBookkuroの残りハードディスクが90Gを切ってしまった。 使い出すと結構あっという間だな。

APT(Affymetrix Power Tools)を使う 必要になりそうなデータは大体揃えて成型したので、具体的な計算結果（上のを理解して）を加えて見やすくアレンジする

しばらく一人で考え事。 とりあえずRで出した結果ファイルをどうやって処理するか。 つたないながら自分でプログラムを組んで、使えるように成型するしかないのかな。 最低限必要な形のイメージはできたので、あとは実行すること。

exonmapを試用してみたけれど、どうも難しいなーという印象。 エクソンアレイのデータはただでさえ大っきいのに、それを普通にメモリに読み込んで、、という作業をするのでとても20枚分のアレイデータを処理するのは無理っぽい。 さて、どうするかと考えた結…

aroma.affymetrixでのエキソンアレイ解析について。 やはりいまいち自分の思ったように使えないので、とりあえず方針変更。 exonmapでごちゃごちゃやってみようかと。

エキソンアレイや大量の発現アレイのデータ解析のためのR package。 エキソンアレイのデータを見るために導入したけれど、いまいち使い方がよくわからん。 ごりごりと動かす前に細かく調べる必要がある様子。